Zástavu, ktorú navrhol zamestnanec poštovej služby Rady Európy (RE) Arsene Heitz, najprv používala iba táto inštitúcia. Pred 30 rokmi, 29. mája 1986, potom bola vlajka prvýkrát vyvesená pred sídlom Európskeho spoločenstva v Bruseli. Z toho potom na základe Maastrichtskej zmluvy vznikla Európska únia, ktorá vlajku prevzala.
Počet hviezd na vlajke je nemenný a odkazuje napríklad na 12 apoštolov, 12 mesiacov v roku, 12 hodín na ciferníku či 12 znamení zverokruhu. Naopak, nemá nič spoločné s pôvodným počtom členských krajín ES. Rada Európy mala vtedy 15 členov. Hviezdy symbolizujú európske národy a kruh ich zväzok.
Štáty EÚ nemajú pre vyvesovanie vlajky jednotné pravidlá, ani únia nemá vlastný právny predpis pre jej používanie. V niektorých členských krajinách je používanie vlajky EÚ upravené zákonom, inde sa jej vyvesovanie riadi podľa zákona o užívaní štátnych symbolov.